La definición de Reserva Marina se consigna en la Ley General de Pesca y Acuicultura (artículo 48, letra b), y en el Reglamento sobre Parques y Reservas Marinas (artículo 3, letra d). Una vez constituidas quedan bajo la tuición del Servicio Nacional de Pesca.

A la fecha en el país se ha decretado el establecimiento de cinco Reservas Marinas, “La Rinconada” en la Región de Antofagasta, que fue la primera en 1997, “Isla Chañaral” en la Región de Atacama, “Islas Choros y Damas” en la Región de Coquimbo y “Putemún” y “Pullinque”, ambas en la Región de Los Lagos.

Cerca de la reserva "Islas Choros y Damas" fue aprobada la construcción de la central térmica a carbón de 540 MW "Barracones", la que después fue cambiada de lugar por el mismo Presidente Piñera.

Las Reservas Marinas son Áreas de Protección Oficial, así lo reconoce la CONAMA y otras instituciones.

La reserva marina de Pullinque fue creada en el año 2003 por Decreto 133 del Ministerio de Economía. Se denominó "Reserva Ostrícola Pullinque" y su objetivo fue el de resguardar la especie nativa ostra chilena (Tiostrea Chilensis).

1) Por la construcción del embarcadero. Las palas y los tramos de las torres que se levantarán en el Parque Eólico Chiloé son tan largas que para su transporte por carretera necesitan caminos con vueltas muy amplias con radio de giro suficiente. El camino de Ancud a Quetalmahue no permite el paso de estos camiones por lo que está planificado su transporte por mar hasta Quetalmahue en donde se construirá un embarcadero. El embarcadero quedará a pocos metros del vértice sur de la Reserva Marina según el mapa presentado por Ecopower y que se reproduce a continuación.

En la Adenda 2 de la DIA se puede leer "Para la descarga de las estructuras y componentes de los aerogeneradores se contempla la instalación de una rampa desmontable, que consiste en un piedraplén  que será habilitado con gaviones de piedra y malla metálica por todo su perímetro y rellenado con material compactado cada 0,5 metros y separado con geotextil. La capa superior será tratada y compactada para dar la consistencia requerida para el tránsito de vehículos. Las dimensiones de la rampa a implementar se muestran en plano de Anexo 2. Esta obra no considera remoción de ninguna índole de lo naturalmente existente, ningún tipo de dragado, sólo un aporte provisorio de material que finalmente se retirará."

2) Por el tráfico de naves 

3) Por los sedimentos que lleguen a la Reserva provenientes de los movimientos de tierra en la cuenca del río Quilo y de otros arroyos que desembocan en el Golfo de Quetalmahue. Para la playa del Golfo de Quetalmahue no se pensó ninguna "franja de protección" y una de las torres (Nº42) se situó (a falta de los emplazamientos definitivos) a 135 metros de la carretera y a 8 metros de un arroyo que desemboca en el mismo Golfo. Como los cimientos tienen un radio de unos 9 metros la torre está prácticamente en el arroyo. La distancia de la desembocadura de este arroyo y del río Quilo están a 2,5 Km. de la Reserva Marina. En el apartado de Área de Manejo se pueden ver las medidas que toma la empresa para evitar el arrastre de sedimentos.

En ninguna parte de la documentación del proyecto se nombra esta Reserva.