El impacto que tendrán los cetáceos con la operación del Parque Eólico Chiloé está muy bien explicado en el folleto realizado por el Centro de Conservación Cetácea del que se extraen algunos párrafos a continuación.

Chile cuenta a nivel nacional con el 50% del total de las especies de cetáceos registradas a nivel mundial. Dependiendo de la especie, su presencia en la costa puede ser anual o estacional. En el caso de la playa de Mar Brava, situada al noroeste de la Isla de Chiloé, la diversidad de mamíferos marinos es excepcional.

El noroeste de la Isla de Chiloé es escenario de la mayor concentración de ballena azul (Balaenoptera musculus) del hemisferio sur. Destaca también la presencia de ejemplares madre-cría de ballena franca austral (Eubalaena australis). Esta población presente en aguas del Pacífico suroriental es una de las más amenazadas a nivel mundial (IUCN). A ello se suman las poblaciones de delfín austral (Lagenorhynchus australis)- especie presente sólo en aguas de Chile y Argentina- y nutrias marinas (Lontra felina).

Estas especies y /o poblaciones de mamíferos marinos, consideradas como patrimonio natural de valor internacional e importancia científica, han sido clasificadas respectivamente como “En Peligro”, “En Peligro Crítico”, “Insuficientemente Conocida”, y “En Peligro” por la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (IUCN).Adicionalmente, la zona cuenta con la presencia de otras especies de cetáceos como ballena jorobada (Megaptera novaeangliae), ballena sei (Balaenoptera borealis) y orca (Orcinus orca); así como la mayor colonia de lobos marinos (Otaria flavescens) del país.

Todas las especies de cetáceos existentes en aguas chilenas fueron declaradas Monumento Natural mediante Decreto Supremo 230/2008, y están protegidas en el territorio marítimo chileno por la Ley de Protección a los Cetáceos (Ley 20.293).

El artículo 2 de la Ley 20.293 prohíbe, entre otros aspectos, acosar cualquier especie de cetáceo. Por su parte, el artículo 3, letras a y b, enfatiza la protección y conservación tanto de los cetáceos como los espacios claves para el desarrollo de sus ciclos de vida, “implementando medidas adicionales de protección en lugares de cría, apareamiento, cuidado parental, alimentación y rutas migratorias”.

El contar con especies de cetáceos protegidas legalmente y de acuerdo al artículo 9 del Reglamento del Sistema de Evaluación de Impacto Ambiental, referente a la localización próxima a población, recursos y áreas protegidas susceptibles de ser afectados, el Proyecto Parque Eólico Chiloé hubiera requerido realizar un Estudio de Impacto Ambiental (EIA).

En diciembre de 2011 un grupo de 43 científicos de todo el mundo escribió una carta al Presidente de Chile pidiéndole que relocalizara el Parque Eólico Chiloé debido a las consecuencias sobre los cetáceos que tendría.

En diciembre de 2012 la investigadora Rosalind M. Rolland publicó un artículo sobre el estrés que provoca el ruido en las ballenas. (Más información)

En el Estudio de Impacto Ambiental presentado en nov. 2013 se aborda el tema de los cetáceos en el Anexo 2.2.4 pero se desconoce que exista información científica aplicable: "Al no existir información científica que permita abordar los efectos de Parques Eólicos Costeros y de la interacción de estos con mamíferos marinos, se recomienda establecer un plan de monitoreo acústico estacional que registre información cierta sobre la generación y registro de presión sonora a distintas distancias desde el ambiente marino, y poner dicha información en conocimiento de las autoridades competentes, a objeto que ella pueda estar disponible para investigadores a quienes esta información pudiera ser útil."